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Hi all!
I'm a bioinformatician.

I'm originally from the south of France, but now living in Stockholm.

I'm developing an open-source analysis pipeline to detect germline or somatic variants from whole genome sequencing.

I'm interested in cancer, large-scale data integration, automation, containerization, reproducibility and visualization.

More about me here:

Ne vous êtes vous jamais posé la question ? Pourquoi les noms de fichiers FASTQ finissent pas 001 ? C'est ce qu'a tenté de découvrir @G_Devailly dans cet excellent article :

:linux: #linux #usb #astuce

Astuce pour voir les débits en temps réel sur vos différents périphériques USB:

sudo apt install usbtop
sudo modprobe usbmon
sudo usbtop

(et vous serez choqué⋅e de découvrir que votre souris consomme 8 ko/seconde quand vous bougez le curseur)

Allez c'est décidé : on réessaye Mastodon (merci @XavCC pour la motivation) et on compte sur vous pour nous montrer que ça dépasse Twitter en terme de partages scientifiques !
On recommence avec notre article d'hier sur le #coronavirus 2019-nCoV et ce que la #bioinformatique apporte dans la lutte contre ce pathogène :
N'hésitez surtout pas à le partager !
Bonne lecture les poueteurs !

Brexit Humor 

Caster obviously wants to avoid Brexit...

"I wish for my homeland's salvation.
With the omnipotent wish-granting device,
...I shall avert Britain's fate of destruction."

Does anyone have suggestions for accounts posting in French? I'm looking for reasons to read more French

More Masto etiquette

Content Warnings may be new to many of you

Try to think of them as being similar to the Subject line of an email

They're not censorship; they're not a punishment; they're not something that need only be applied in cases where the content is very offensive

They're a piece of meta-data that it is polite to provide and that you're expected to supply in certain cases to help others to decide whether/when to engage with your post

#LGBT #luttes

Comme mon passe-temps est de clasher les homophobes sur Twitter, je me suis rendu compte qu'ils n'étaient pas du tout au courant de la loi française.

Alors j'ai rapidement bricolé ça.

C'est dans le domaine public, servez-vous.

( Version png, svg et pdf: )

Hey! Dear Bioinformaticians and others Bioinfomagicians, I'm looking for anyone that could help me find someone who worked on I'm trying to figure out scripts to redo that... It's an I hope that someone gets my

Les fêtes approchent !
Vous allez sûrement être mis à contribution pour dépanner un PC sous Windows 🤮

Voici une checklist de Timo pour être plus efficace:

Me, running desperately to the department of biology


A grad student removes her goggles, presses her fingers to her temples, and increments the large and ornate "people who have suggested the Hackintosh pun" sign by one

Anyone else having an issue trying to run VEP inside a Singularity container?

Quand Twitter te trolle...

(bon en même temps, ils ont fait ce qu'ils ont dit)

I just realized how refreshing it is not to have all of my Mastodon clicks go through or or or whatever. 🎉

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