Hi all!
I'm a bioinformatician.
I'm originally from the south of France, but now living in Stockholm.
I'm developing an open-source analysis pipeline to detect germline or somatic variants from whole genome sequencing.
I'm interested in cancer, large-scale data integration, automation, containerization, reproducibility and visualization.
More about me here:
http://maxulysse.github.io/
Framasoft ne piste personne, du coup pour comprendre vos attentes, besoins, envies... on tente un truc original : vous demander.
Ouais, c'est osé.
Vous avez un mois pour répondre à notre grande enquête "Ce que vous pensez de Framasoft", ça nous aidera beaucoup.
Ça dure 5 à 10mn maxi, et ça peut se faire directement sur le Framablog :
https://framablog.org/2022/05/23/ce-que-vous-pensez-de-framasoft-on-a-besoin-de-vous/
I actually wrote this on Twitter for Twitter users interested in migrating to #Mastodon but maybe this tweetorial describes how to use #Wikidata to find co-authors on Mastodon :) https://threadreaderapp.com/thread/1519193166188007424.html Have fun!
Ne vous êtes vous jamais posé la question ? Pourquoi les noms de fichiers FASTQ finissent pas 001 ? C'est ce qu'a tenté de découvrir @G_Devailly dans cet excellent article :
https://bioinfo-fr.net/pourquoi-certains-fichiers-fastq-finissent-par-001
#bioinformatics
Allez c'est décidé : on réessaye Mastodon (merci @XavCC pour la motivation) et on compte sur vous pour nous montrer que ça dépasse Twitter en terme de partages scientifiques !
On recommence avec notre article d'hier sur le #coronavirus 2019-nCoV et ce que la #bioinformatique apporte dans la lutte contre ce pathogène : https://bioinfo-fr.net/analyses-bioinformatiques-du-coronavirus-2019-ncov-pourquoi-et-comment
N'hésitez surtout pas à le partager !
Bonne lecture les poueteurs !
It is proven! I am maxulysse on Keybase: https://keybase.io/maxulysse/sigchain#e31a1f17994602813cb6d5b7682ef7d58541406f161f589443a974e8c717baf40f
Very happy to be part of this project: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/610741v1
How to run Flask app by flask run or custom command without set FLASK_APP manually?
New Sarek Release 2.3, codename Äpar;
Improved usage for WES, Conda support, better QC, Multiple samples TSV file...
https://github.com/SciLifeLab/Sarek/releases/tag/2.3 #Sarek #Bioinformatics #Reproducibility #Sciworkflows #Nextflow
More Masto etiquette
Content Warnings may be new to many of you
Try to think of them as being similar to the Subject line of an email
They're not censorship; they're not a punishment; they're not something that need only be applied in cases where the content is very offensive
They're a piece of meta-data that it is polite to provide and that you're expected to supply in certain cases to help others to decide whether/when to engage with your post
Comme mon passe-temps est de clasher les homophobes sur Twitter, je me suis rendu compte qu'ils n'étaient pas du tout au courant de la loi française.
Alors j'ai rapidement bricolé ça.
C'est dans le domaine public, servez-vous.
( Version png, svg et pdf: https://sebsauvage.net/files/homophobie-delit.7z )
#Bioinformatics Hey! Dear Bioinformaticians and others Bioinfomagicians, I'm looking for anyone that could help me find someone who worked on #Illumina #iGenomes I'm trying to figure out scripts to redo that... It's an #SOStoTheWorld I hope that someone gets my #MessageInABottle
Mais c’est mignon ça aussi ! 😊
https://github.com/kamranahmedse/developer-roadmap
Les fêtes approchent !
Vous allez sûrement être mis à contribution pour dépanner un PC sous Windows 🤮
Voici une checklist de Timo pour être plus efficace:
https://lehollandaisvolant.net/?mode=links&id=20171230155611
PhD in #Bioinformatics from #Marseille 🇫🇷, now in #Stockholm 🇸🇪, developing nf-core pipelines (mainly Sarek).