Framasoft ne piste personne, du coup pour comprendre vos attentes, besoins, envies... on tente un truc original : vous demander.

Ouais, c'est osé.

Vous avez un mois pour répondre à notre grande enquête "Ce que vous pensez de Framasoft", ça nous aidera beaucoup.

Ça dure 5 à 10mn maxi, et ça peut se faire directement sur le Framablog :

framablog.org/2022/05/23/ce-qu

I actually wrote this on Twitter for Twitter users interested in migrating to but maybe this tweetorial describes how to use to find co-authors on Mastodon :) threadreaderapp.com/thread/151 Have fun!

@jjp @dsampaolo Ben c'est pareil...
Faut juste savoir où les gens que tu cherches sont cachés.
Je suis sur une instance plutôt axée recherche (scholar.social), ce qui affecte la timeline locale...

Ne vous êtes vous jamais posé la question ? Pourquoi les noms de fichiers FASTQ finissent pas 001 ? C'est ce qu'a tenté de découvrir @G_Devailly dans cet excellent article :
bioinfo-fr.net/pourquoi-certai
#bioinformatics

:linux: #linux #usb #astuce

Astuce pour voir les débits en temps réel sur vos différents périphériques USB:

sudo apt install usbtop
sudo modprobe usbmon
sudo usbtop

(et vous serez choqué⋅e de découvrir que votre souris consomme 8 ko/seconde quand vous bougez le curseur)

@Kumquat @XavCC@mamot.fr @eorn @BioinfoFr

Bon grosso modo, voilà tout ce que je peux dire sans chercher sur les .sam / .bam et comment on les génère.

Je bosse en anglais, donc j'ai probablement pas tous les bons termes, désolé pour les anglissismes.

Si j'ai dit des bêtises, hésitez pas à me corriger, et si y'a des questions supplémentaires, hésitez pas 😄

@Kumquat @XavCC@mamot.fr @eorn @BioinfoFr

Pour finir, d'après le projet 1000 génomes, dans un génome humain il y a environ:
- 1 000 délétions
- 1 000 insertions
- 160 variation du nombre de copies
- 10 inversions

@Kumquat @XavCC@mamot.fr @eorn @BioinfoFr

Infos complémentaires:
- Le génome de référence contient uniquement la séquence brute, et va donc être au format FASTA.
- Un génome humain c'est grosso modo 3,2 milliard de paires de bases.
- Le classique c'est de séquencer à une profondeur de 30X.
- Pour des bouts de ~150 paires de bases, ça en fait donc 600 millard... (c'est pour ça qu'on compresse)

@Kumquat @XavCC@mamot.fr @eorn @BioinfoFr

Option 2, c'est une nouvelle espèce, donc assemblage sans plan.

On essaye d'assembler les bouts comme possible, et au final on a le même type fichier (BAM).

@Kumquat @XavCC@mamot.fr @eorn @BioinfoFr

Option 1 l'espèce a déjà été séquencée et on dispose d'un génome de référence.

Il "suffit" juste de se servir de ce génome de référence comme une carte pour assembler les bouts que l'on a dessus.

Plusieurs bouts vont se superposer plus ou moins, c'est ce qui donne la profondeur de séquençage.

Le fichier résultant est un fichier SAM (Sequence Alignment Map) qu'on compresse généralement de suite en BAM (Binary Alignment Map), histoire de gagner de la place.

@Kumquat @XavCC@mamot.fr @eorn @BioinfoFr

Chaque bout fait environ 150 paires de bases en général, mais ça peut être beaucoup plus long si on utilise des technologies différentes pour le séquençage (short-reads vs long -reads).

Mais tous ces bouts ne sont pas ordonnés, ce qui nous sert pas à grand chose.

À ce niveau là on a toutes les pièces du puzzle, reste à assembler.

Deux options s'offrent à nous.

@Kumquat @XavCC@mamot.fr @eorn @BioinfoFr

On commence par prendre un échantillon biologique qu'on veut séquencer, ça peut être du sang, un prélévement...

Cet échantillon est ensuite préparé en labo et séquencé, ce qui nous donne un fichier FASTQ, qui contient donc directement les séquences brutes (ainsi que la qualité du séquençage).

@eorn @BioinfoFr @Kumquat @XavCC@mamot.fr

Challenge accepted ;-) En français ou in english?

Allez c'est décidé : on réessaye Mastodon (merci @XavCC pour la motivation) et on compte sur vous pour nous montrer que ça dépasse Twitter en terme de partages scientifiques !
On recommence avec notre article d'hier sur le #coronavirus 2019-nCoV et ce que la #bioinformatique apporte dans la lutte contre ce pathogène : bioinfo-fr.net/analyses-bioinf
N'hésitez surtout pas à le partager !
Bonne lecture les poueteurs !

Brexit Humor 

Caster obviously wants to avoid Brexit...

"I wish for my homeland's salvation.
With the omnipotent wish-granting device,
...I shall avert Britain's fate of destruction."

@socrates No problem, you're right, I should have done that.

@nlavielle T'as pas moyen d'en imprimer un en 3D ?
@maria@eldritch.cafe

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